為了使食品出產(chǎn)全過程不受微生物污染對于易變質(zhì)的損害，要對原料、水、設(shè)備等進(jìn)行處理，食品生產(chǎn)車間的環(huán)境是否潔凈也是重要的一個(gè)條件，此外部分食品要求潔凈無菌的凈化車間，諸如以下行業(yè)。

奶制品

酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經(jīng)常用到無菌處理。一些大型設(shè)備要求100,000級(jí)（ISO 8級(jí)和9級(jí)）以上。

灌裝（酒類、飲料等）

啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級(jí)（100級(jí)）和ISO 6級(jí)（1,000級(jí)）潔凈室。

傳統(tǒng)系統(tǒng)中地道式巴氏消毒法對產(chǎn)品進(jìn)行各種高溫處理，得到的產(chǎn)品在物理特性上發(fā)生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝選用較低熱處理，可在幾方面改進(jìn)產(chǎn)品的質(zhì)量。

在食品廠凈化車間內(nèi)出產(chǎn)的食品，因?yàn)槠渚哂休^高的潔凈度能夠保證食品不被細(xì)菌附著，但不能消除食品本身帶來的細(xì)菌，因此還需要加熱、噴藥、照耀等方式滅菌。很多食品廠凈化車間首要用于滅菌后的冷卻、堵截（片）、包裝等工序。